Program Studi Pendidikan Agama Islam telah merumuskan dan menetapkan Roadmap Penelitian dan Pengabdian dosen dan mahasiswa Prodi PAI 2016-2026. Roadmap penelitian ini dibuat dalam kerangka memfokuskan kinerja dosen dan mahasiswa dalam mencapai Tri Darma Perguruan Tinggi, yakni pendidikan/pengajaran, penellitian dan pengabdian kepada masyarakat. Implikasinya bahwa semua dosen dan mahasiswa dalam meneliti, menulis jurnal, skripsi dan pengabdian harus mengikuti roadmap tersebut.
Roadmap penelitian dan pengabdian ini dibagi dalam tahun capaian, yakni periode 2016-2019: yang meliputi (1) Model peningkatan kualitas sekolah Muhammadiyah di Jawa Tengah dalam bidang al-Islam, Kemuhammadiyahan dan Bahasa Arab; (2) Identifikasi problem hubungan sains moderen dan tradisi komunitas Islam; (3) Model hubungan sains moderen dan tradisi komunitas Islam, dan (4) Rekonsiliasi sains moderen dan tradisi komunitas Islam.
Yakni periode 2020-2023: (1) Perlindungan hukum terhadap anak di LPKA; (2) Model pembangunan dan pemulihan karakter anak binaan; (3) Penerapan (pengabdian) model pemulihan karakter anak binaan di LP.
Yakni 2018-2026: (1) Identifikasi, model dan pelatihan tata kelola Sekolah Muhammadiyah Berdaya Saing Internasional; (2) Identifikasi, model dan pelatihan budaya Sekolah Muhammadiyah Berdaya Saing Internasional; (3) Pola pengembangan pendidikan keagamaan Islam di SMP elite di Surakarta; (4) Deseminasi pola pengembangan pendidikan keagamaan Islam di SMP elite.
Yakni 2018-2026: (1) Pola, model dan sosialisasi tentang pola asuh anak dalam perspektif Islam; (2) Sejarah perkembangan ideologi pendidikan Islam di Surakarta; (2) Varian ideologi pendidikan Islam di Surakarta.