Prodi Pendidikan Agama Islam telah melakukan Audit Mutu Internal sebagai bahan masukan untuk pengembangan PAI yang lebih baik. Sebagaimana yang telah diterangkan temuan-temuan dari hasil AMI, akan disampaikan pada rapat RTM fakultas untuk dijadikan rekomendasi-rekomendasi perbaikan yang kemudian akan dilanjutkan pembahasannya dalam rapat RTM universitas. Adapun untuk hasil audit FAI UMS di tahun 2019-2020 memiliki Indeks Efektifitas Anggaran sebesar 88,7 dan Nilai Indeks Keterlaksanaan sebesar 90,0. Hasil laporan audit, monitoring dan evaluasi penjaminan mutu juga tertuang dalam RTM tingkat fakultas dan universitas. Informasi ini penting sebagai media penghubung antara pihak pemangku kepentingan yakni Prodi Pendidikan Agama Islam dan juga para stakeholders sebagai pengguna lulusan maupun Orang Tua sebagai penilai dalam memberikan alasan terkait dengan lulusan yang diharapkan.
