Prodi PAI menjalin kerjasama dengan sekolah Muhammadiyah unggulan di Soloraya. Kerjasama ini dimaksudkan untuk membangun singeritas antara Prodi PAI UMS dengan sekolah-sekolah Muhammadiyah sebagai tempat Calon-calon guru masa depan yang berkemajuan. Mahasiswa Prodi PAI membutuhkan tempat khusus yang bisa dipakai untuk: pengembangan, pendidikan, pengajaran, penelitian, dan pengabdian. Tempat khusus itu didesain Prodi PAI dengan model Sekolah Laboratorium (Labschool). Dipilihnya SMP Muhammadiyah Program Khusus Kottabarat Siurakarta sebagai Labschool karena prestasinya dibidang akademik, non akademik dan bidang AIK (al-Islam Kemuhammadiyahan) serta dalam pengelolaan dan pengembangan sekolah yang inovatif, kerjasama ini untuk memberikan bekal kepada calon guru PAI menjadi guru professional dan mampu menghadapi tantangan khususnya Pendidikan Islam